Côn Đảo được công nhận là khu bảo tồn thiên nhiên từ năm 1984, tài nguyên rừng, biển còn khá nguyên vẹn, tiềm năng đa dạng với tổng diện tích 20.000ha, trong đó 14.000 ha là biển và 6.000 ha rừng trên đảo. Vườn quốc gia Côn Đảo có những khu rừng sâu tốt với nhiều loại gỗ quý như: bời lời, lát hoa, sao đen, cẩm thi, thiên niên kiện, săng đào, dầu lá bóng. Động vật ở vườn quốc gia cũng có nhiều loài như: chồn, sóc, kỳ đà, khỉ, hươu, nai, gà rừng …. Đặc biệt có sóc mun toàn thân đen tuyền. Trong vườn còn có các loài chim như: chim điêu mặt xanh, én biển. Bên cạnh đó còn có một vùng biển đệm rộng 20.500 ha, bao gồm cả hệ sinh thái biển và ven bờ như rừng ngập mặn, các rạn san hô và thảm cỏ biển.

Vùng biển Côn Đảo có nhiều loài hải sản quý, có giá trị cao như: tôm hùm, cá hàng, cá mập, cá heo, cá nhám, hải sâm, đồi mồi, vích… Là nơi có những loài động, thực vật quý hiếm như bò biển. Côn Đảo có quần thể rùa biển rất lớn, hàng năm vào mùa sinh sản, có hàng ngàn lượt rùa biển lên các bãi cát đẻ trứng. Vườn quốc gia Côn Đảo được nằm thứ 2 trong danh sách “những khu vực được ưu tiên cao nhất” trong hệ thống khu bảo tồn biển trên thế giới. Là nơi lý tưởng dành cho du lịch và nghiên cứu khoa học. Đến thăm Côn Đảo, du khách không nên bỏ qua cơ hội khám phá những điều ký thú, những rạn san hô trải dài hàng cây số với hàng chục loại san hô đủ màu sắc, hình dáng được tô điểm sinh động bằng những đàn cá lớn sặc sỡ, bơi lội tung tăng.  Có thể nói ở Việt Nam, không nơi nào hội tụ đầy đủ  những điều kiện để trở thành điểm du lịch sinh thái như vườn quốc gia Côn Đảo. Và vui với những chú bò biển, rùa biển, cá heo đang đùa giỡn tự do trong thiên đường an toàn của chúng.

Đối diện với hòn Bà (Côn Đảo) có một ngôi miếu ghi công đức của người phụ nữ cam đảm, sẵn sàng chịu giam cầm để can ngăn chúa Nguyễn không làm điều “Cõng rắn cắn gà nhà”. Đó chính là miếu thờ bà Phi Yến và đền An Hải, gần thị trấn Côn Đảo. Lịch sử  ghi lại rằng vào rằm tháng 7 năm Ất Hợi ( 1785 ) dân làng An Hải mời Bà từ làng Cỏ Ống về dự lễ, trong làng có tên đồ tể Biện Phi thấy nhan sắc Bà lộng lẫy tính giở trò đồi bại nhưng Bà đã tri hô lên để dân làng ứng cứu. Để giữ tròn danh tiết, Bà đã chặt đứt cánh tay chỗ Biện Phi chạm vào và quyên sinh. Trước hình cảnh đó, dân làng An Hải đã xử tên Biện Phi tội chết và lập đền thờ Bà quanh năm để tạ tội.

Nằm gần trung tâm đảo lớn, núi Chúa với độ cao 515 m tựa như bức tường sừng sững che chắn phía Tây Bắc thị trấn Côn Đảo. Là địa danh gắn liền với truyền thuyết lúc Nguyễn Ánh chạy trốn ra Côn Đảo, vì sợ oai phong của quân Tây Sơn đuổi đến, Nguyễn Ánh phải trốn tận trên núi cao. Khi chiến thuyền của Tây Sơn  đuổi đến, Nguyễn Ánh tháo chạy ra đảo Thổ Chu. Ngọn núi mang tên núi Chúa vừa chỉ nơi ở của Nguyễn Ánh vừa mang cả nghĩa cười chê kẻ hèn nhát nhưng lại ôm tham vọng, sẵn sàng “ Rước voi về dày mả tổ”.

Đi dọc chiều dài khỏang 15km từ trung tâm huyện đảo đến Vịnh Bến Đầm, du khách có thể chiêm ngưỡng vẻ đẹp thiên nhiên kỳ bí của Côn Đảo với các hòn Tài Lớn, Tài Nhỏ… thoắt ẩn, thoắt hiện trong chặng đường quanh co của biển. Ở đó có một hòn đảo có hình dáng đặc biệt, trông xa như một chú chim biển khổng lồ đang đắm mình dưới nước,  đó chính là Hòn Bà. Trên đỉnh Hòn Bà có một tảng đá lớn, trông giống như đá Vọng Phu, tương truyền đó là thứ phi của Nguyễn Ánh, tên là Nguyễn Thị Răm, một phụ nữ có tấm lòng yêu nước. Khi biết Nguyễn Ánh thua trận muốn sang cầu cứu quân Pháp và gởi Hoàng tử Cải làm con tin, Bà lựa lời khuyên can và bị khép vào tội thông đồng với Tây Sơn nên Nguyễn Ánh đã giam Bà vào hang đá và vứt hoàng tử Cải xuống biển vì sợ lộ trong lúc chạy trốn. Đến thăm hòn Bà, du khách sẽ cảm thương cho số phận hẩm hiu của một Bà phi thời loạn lạc.

Bãi Đầm Trầu ở Côn Đảo là nơi có phong cảnh tuyệt đẹp với bờ cát mịn trải dài dưới chân vách đá dựng muôn hình. Trên  một triền đá vươn ra tận biển nổi lên hai tảng đá lớn, chụm đầu vào nhau như đôi chim đang âu yếm chăm sóc cho nhau, quên cả dòng chảy của thời gian.

Địa danh Hòn Cau và bãi Đầm Trầu bắt nguồn từ một truyền thuyết cổ xưa, câu chuyện về mối tình oan nghiệt của một đôi trai gái yêu nhau nhưng không thể lấy nhau vì họ là anh em cùng cha khác mẹ. Buồn hận vì tình yêu đôi lứa không thành, chàng Cau đã bỏ nhà đến một hòn đảo cách xa chốn cũ hơm 10 dặm để ẩn dật cho đến khi chết, nơi chàng nằm xuống bỗng mọc lên hàng cau xanh tốt quanh năm, tới mùa trái chín đỏ rực một vùng. Khi chàng trai bỏ quê hương ra đi, ngày ngày người con gái tên Trầu ra vách đá nơi hò hẹn khi xưa chờ đợi, ngóng trông, đến khi rõ sự thật thì quá tuyệt vọng nàng đã gieo mình xuống nước, nơi nàng bỏ xác có tên gọi là bãi Đầm Trầu từ đó.

Đến thăm Hòn Cau và bãi Đầm Trầu, đầm mình vào làn nước trông xanh kỳ ảo và chia sẻ với một mối tình lãng mạn nhưng oan trái của đôi trai gái đã tạo nên một truyền thuyết đẹp.

Được khởi công xây dựng từ năm 1873 với độ dài hơn 100m từ cổng Dinh Chúa đảo ra vịnh Cô Sơn, Cầu Tàu 914 là chứng nhân cho tội ác của chính quyền đô hộ khi làm chủ hòn đảo này. Ấn tượng lớn nhất mà di tích lịch sử này đem lại chính là sự ngạc nhiên trước những phiến đá ngổn ngang, những tảng đá lớn hàng thước khối, nặng hàng nghìn cân kia đã từng vùi chôn bao thân phận tù khi đem chúng về từ núi Chúa. Cầu Tàu 914 cũng là nơi ghi dấu bước chân lưu đày của hàng chục vạn tù nhân, nhiều người trong số họ đã vùi thây lại những địa danh như: Hàng Keo,  Hàng Dương, Cỏ Ống, Hòn Cau… Cũng tại nơi này năm 1945, hơn 2.000 tù nhân chính trị đã được trở về đất liền tiếp tục chiến đấu, 9 năm sau Cầu Tàu 914 chứng kiến niềm vui của 1.600 tù binh và tù án được tự do. Năm 1975, Cầu Tàu 914 đón những bước chân mạnh mẽ, tự hào của những con người đã được làm chủ đất nước, xây dựng nơi từng là địa ngục thành hòn đảo xinh tươi.

Nằm ở phía Tây thị trấn Côn Đảo, cách vườn quốc gia khoảng 3km, leo hết một con dốc là du khách có thể thưởng ngoạn di tích Cầu Ma Thiên Lãnh do người Pháp bắt các tù nhân xây dựng. Hiện tại, cây cầu không còn mà chỉ còn lại hai bên mõm cầu. Thăm lại Cầu Ma Thiên Lãnh để nhớ về một thời gian khổ của những con người ưu tú của đất nước đã sống và chiến đấu trong môi trường khắc nghiệt từng được mệnh danh là “địa ngục trần gian”. Tạm biệt di tích cầu Ma Thiên Lãnh, sau 45 phút đi bộ vượt qua núi, du khách sẽ tới bãi tắm Ông Đụng, địa danh nổi tiếng với món ăn đặc sản ốc Vú Nàng. Bãi Ông Đụng rộng, nước sạch và trong xanh, cát mịn và hoang sơ không bóng người, dễ làm say lòng du khách.