VQG Phong Nha –Kẻ Bàng có hệ thảm thực vật với những kiểu thảm thực vật quan trọng là:
  

 Rừng kín nhiệt đới thường xanh, ẩm trên núi đá vôi: Có thảm thực vật với diện tích lớn nhất và phân bố thành mảng lớn ở phía Bắc và phía Tây của khu vực. Thành phần chủ yếu ở đây là các loài thực vật đặc trưng như Sao đá, Nàng hai, Trai, Mùng quân, Nghiến, Lát hoa, Sên đào. Thực vật hạt trần chỉ thấy xuất hiện lẻ tẻ trên các vách đá với loài Tuế núi đá và trong các hẻm đá có đất bồi có loài Hoàng đàn giả.

   Rừng thứ sinh sau khai thác trên núi đá vôi: Kiểu phụ thảm thực vật này phân bố chủ yếu ở ven đường 20 và khu vực tiếp cận điểm quần cư phía Bắc. Nó có nguồn gốc trực tiếp từ kiểu thảm thực vật rừng nhiệt đới thường xanh, ẩm trên núi đá vôi sau khi chịu tác động của con người. Với các loài cây tiên phong ưa sáng, mọc nanh có gỗ mềm như Ba soi, Ba bét, Thung, Màng tang, Hu bọ nẹt, Chẩn, Hèo đá...
  

 Quần lạc cây bụi, cây gỗ rải rác trên đất đá vôi: Kiểu phụ thảm thực vật này chiếm một diện tích trung bình, tập trung ở khu vực trung tâm, phía Đông đường 20 và nằm kề bên điểm quần cư của xã Tân Trạch. Kiểu rừng này phân bố ở các sườn dốc thoải hoặc các gò đống có đỉnh tròn bằng nằm bên khe suối. Những cây còn sót lại đa phần là những cây gỗ tạp như Đa, Trâm, Sảng, Mắn đỉa... có phẩm chát xấu. Các loài cây gỗ nhỏ và cây bụi phổ biến bao gồm: Sòi tía, Cò ke, Hu, Thầu tấu... Mặt đất nhiều chỗ lộ trơn, chặt cứng và có hiện tượng kết vón, khả năng tái sinh tự nhiên rất kém.
   

Rừng kín thường xanh nhiệt đới ẩm trên núi đất: Kiểu thảm thực vật này có diện tích rộng lớn trong khu vực (11.038 ha), phân bố tập trung thành 2 khối lớn: một khối ở phía Đông kéo dài từ suối làng Va, ven theo lộ 20 tới tận Rào Thương. Đặc trưng của khu vực này là nền đá mẹ khác nhau về chủng loại. Tại đây rừng cấu trúc chủ yếu bởi các loài cây gỗ thường xanh. Những cây gỗ rừng lá: Dầu ke, Chò nhai, Sâng, Sổ, Bằng lăng chỉ là những cá thể mọc rải rác. Các loài lá rộng được xem là thành phần cấu tạo chính của các tầng rừng.
 

  Do có phần nền là những loại đất tương đối sâu, dày, ẩm nên rừng sinh trưởng tốt, cây gỗ có đường kính trên dưới 100cm chiếm số lượng nhiều.
 

  Với đặc điểm khí hậu nhiệt đới với độ che phủ trên 90%, VQG Phong Nha-Kẻ Bàng là nơi hội tụ của nhiều loài động thực vật phong phú và có tính đa dạng cao. Cho đến nay, đã thống kê được 140 họ, 413 chi, 735 loài thực vật bậc cao phân bố theo các nhóm bao gồm các nhóm thực vật như quyết, thực vật hạt trần, thực vật hạt kín. Hệ thực vật Phong Nha thể hiện nơi giao lưu của 2 khu hệ thực vật phía Nam và phía Bắc với các loài thực vật đặc trưng như Nghiến, Chò nước, Dầu ke, Dầu đọt tím. Đặc biệt cây Tàu đá gần đây mới được phát hiện và công bố. Trong số các loài thực vật có 25 loài được ghi trong sách đỏ Việt Nam.

Khám phá Phong Nha Nha Kẻ Bàng là một những điểm du lịch Xanh hấp dẫn hiện nay tại Việt Nam. Quý khách có thể liên hệ, Du Lịch Xanh Quảng Bình - 052.3836333 - 0903295730 - Email: quangbinh@dulichxanh.com.vn